przystajnik

RTG, DICOM i Linux z pomocą

Wśród wielu zastosowań Linuksa z pewnością jednym z najbardziej egzotycznych jest stosowanie go w służbie zdrowia. I nie mówię tutaj o infrastrukturze sieciowej, gdyż większość serwerów medycznych korzysta z dobrodziejstw otwartego oprogramowania (archiwizacja badań, elektroniczna kartoteka, itp.). Aby pozostać w obrębie przeważającej tematyki tego miejsca, mam na myśli formy obrazkowe. A jakby na to nie patrzeć, to fotografia RTG ma w sumie coś wspólnego… Z fotografią. A jeżeli RTG, czy oczywiście i DICOM. Czy zatem wśród ogółu oprogramowania tworzonego ku uciesze multimedialnej gawiedzi, znajdziemy na Linuksie coś, co może przynieść większy pożytek dla czyjegoś zdrowia, by nie napisać – uratować życie?

Jak można wyczytać choćby na Wikipedii, DICOM to standard jeżeli chodzi o obrazowanie i późniejsze przetwarzanie oraz diagnostykę w medycynie.

DICOM, obrazowanie cyfrowe i wymiana obrazów w medycynie (ang. Digital Imaging and Communications in Medicine) – norma opracowana przez ACR (American College of Radiology) i NEMA (National Electrical Manufacturers Association) dla potrzeb ujednolicenia wymiany i interpretacji danych medycznych reprezentujących lub związanych z obrazami diagnostycznymi w medycynie. DICOM znajduje zastosowanie głównie w przetwarzaniu obrazów tomografii komputerowej (TK), obrazowania metodą rezonansu magnetycznego (RM), pozytonowej tomografii emisyjnej (PET), cyfrowej angiografii subtrakcyjnej (DSA), cyfrowej radiografii konwencjonalnej (CR), radiografii cyfrowej (DR) oraz wszystkich wykorzystujących technologie cyfrowe badań o wysokiej rozdzielczości obrazu. Dane w formacie DICOM mają dużą objętość, wymagają specjalnego oprogramowania i sprzętu komputerowego a także łączy o wysokiej przepustowości, za to pozwalają zachować wysoką jakość obrazu. Stosowanie normy DICOM umożliwia, między innymi, funkcjonowanie teleradiologii.

Nie da się opisać w kilku prostych słowach lub nawet zdaniach tego standardu. Musi on bowiem obejmować tak wiele dziedzin medycyny, że nad każdym z „odłamów” czuwa inna grupa badawcza dostosowująca standard do własnych potrzeb. Dlaczego DICOM, a nie zwykłe jpg, png, tiff? To oczywiste. Kto chciałby być leczony na podstawie zdjęć w stratnej kompresji (jpg) lub z dokładnością mogącą wpłynąć na błędną diagnozę? Do tego dochodzi interpretacja kolorów, tagowanie elementów na zdjęciu oraz inne dane, które oprócz obrazowania opisują kadr odpowiednimi parametrami. Bądźmy szczerzy – medycyna to dziedzina dla fachowców. A w tym wszystkim okazuje się, że istnieje fachowe i rozbudowane oprogramowanie również dla Linuksa. Oprogramowanie, które pozwala analizować zdjęcia DICOM, opisywać, przetwarzać i wykorzystywać do skutecznej diagnostyki. Niestety, moja indolencja medyczna pozwala mi jedynie na naszkicowanie tego tematu.

AMIDE

AMIDE

AMIDE

Analizator zobrazowanych danych medycznych (ang. Amide’s a Medical Imaging Data Examiner). AMIDE jest narzędziem do przeglądania i analizowania zestawów danych obrazów medycznych. Do jego możliwości można zaliczyć: jednoczesne przetwarzanie złożonych zbiorów danych importowanych z różnych formatów plików, łączenie obrazów, przedstawianie określonych analiz i rysunków w postaci trójwymiarowej, renderowanie objętości i wyrównywanie obrazów ciał stałych. Amide importuje większość klinicznych plików DICOM (z wykorzystaniem biblioteki DCMTK).

Ginkgo CADx

Ginkgo CADx

Ginkgo CADx

Ginkgo CADx stanowi kompletne rozwiązanie przeglądarki do standardu DICOM z zaawansowanymi funkcjami i obsługą rozszerzeń.

  • Prosty i konfigurowalny interfejs poprzez profile.
  • W pełni funkcjonalna wizualizacja obrazów DICOM.
  • Kompletny zestaw narzędzi (measure, markers, text, …).
  • Obsługa wielu modalności (neurologiczne, radiologiczne, dermatologiczne, okulistyczne, USG, endoskopiczne, …).
  • Obsługa dychotomizacji z JPEG, PNG, GIF i TIFF.
  • Pełna obsługa integracji EMH: standard HL7 i obieg zgodny z IHE.
  • Stacja robocza PACS (C-Find, C-MOVE, C-STORE …).
  • Rozszerzalny dzięki niestandardowym rozszerzeniom.
  • Kompozycja mozaikowa obrazu siatkówki.
  • Automatyczna analiza diagnostyki siatkówki.
  • Automatyczna diagnostyka łuszczycy.
Slicer

Slicer

Slicer

Slicer to aplikacja dla informatyków i badaczy klinicznych. Platforma zapewnia funkcjonalność segmentacji, rejestracji i trójwymiarowej wizualizacji multimodalnych danych obrazu, jak również zaawansowanych algorytmów analizy obrazu do obrazowania tensora dyfuzji, funkcjonalny magnetyczny rezonans jądrowy i obraz prowadzonego leczenia. Obsługiwane są standardowe formaty plików graficznych, a program integruje przeróżne funkcje biomedycznych badań.

MIPAV

MIPAV

MIPAV

MIPAV (medyczne przetwarzanie obrazu, analiza i wizualizacja) umożliwia analizę ilościową i wizualizację obrazów medycznych na wiele sposobów, takich jak PET, MRI, CT lub mikroskop. Użytkowanie zestawu narzędzi MIPAV i jego interfejsu użytkownika na potrzeby analizy, naukowe (w tym przez Internet) pozwala łatwo udostępnić dane badań i analizy, a tym samym zwiększyć ich możliwości diagnostyki, monitorowania i leczenia zaburzeń medycznych. Jedno z najbardziej rozbudowanych narzędzi.

Dawne Xmedcon

Dawne Xmedcon

Xmedcon

Program przeznaczony jest do konwertowania formatów obrazów medycznych i rozpowszechniany na podstawie licencji (L)GPL. Pakiet zawiera kompletny kod źródłowy w języku C, elastyczne narzędzie wiersza poleceń oraz przejrzysty interfejs graficzny, stworzony przy użyciu biblioteki GTK+. Aktualnie obsługuje następujące formaty: ACR/NEMA 2.0, Analyze (SPM), DICOM 3.0, InterFile 3.3 i PNG. Xmedcond umożliwia także odczytywanie nieskompresowanych, oficjalnie nieobsługiwanych plików, wyświetlanie wartości pikseli oraz wyodrębnianie/zmienianie kolejności poszczególnych obrazów. Możliwe jest również uzyskiwanie nieprzetworzonych obrazów w formatach binarnym lub ASCII oraz zapisywanie obrazów w formacie PNG, używanym w aplikacjach pulpitowych.

Mango mobilnie

Mango mobilnie

Mango

Mango – skrót od analizy wieloczynnikowej obrazu GUI – to przeglądarka obrazów medycznych badawczych. Dostarcza narzędzi do analizy i interfejs użytkownika do nawigacji wśród sporej ilości obrazów.

I na tym nie koniec – do kompletu można dorzucić równie ciekawe projekty takie jak Vinci, Aeskulap, MRIcron, Aliza, AFNI, MeVisLab. I na tym nadal nie koniec. Wystarczy rzucić okiem na pewną stronę.

Kwestią pozostaje jakość tego oprogramowania. W większości są to projekty opensource, ale o dziwo – pod auspicjami poważnych instytutów i uczelni. Zatem jedynym mankamentem pozostaje wdrożenie w placówka zdrowia takiego oprogramowania, gdyż ciężko wymagać od samych lekarzy, aby wykazywali się biegłością i zacięciem w tej kwestii.

Post navigation

11 comments for “RTG, DICOM i Linux z pomocą

  1. aquarius
    14 kwietnia, 2016 at 8:00

    Nie pisze się „endoskopiczne” tylko endoskopowe. Warto też wspomnieć o ImageJ, służacym do obróbki obrazu z różnych źródeł miedzy innymi z aparatów do RTG, MRI, mikroskopów. Najprostszą przeglądarką obrazów DICOM jest Image Magic.

  2. Wojciech
    14 kwietnia, 2016 at 8:32

    Bardzo dziękuję za ten artykuł: Żona jest lekarzem radiologiem i temat programów do DICOM jest dla nas istotny.

    Problem programów do DICOM polega na tym, że większość z tych zacnych dzieł dla platformy linuksowej to bardzo wyspecjalizowane programy do konkretnych zastosowań, a pozostałe są często dość amatorskie. Więc przydatność jednych i drugich do celów codziennej, „masowej” diagnostyki jest często wątpliwa, a obsługa jest mocno karkołomna (wspólnie z Żoną przetestowaliśmy większość z nich). Niestety, niekwestionowanym liderem jest makowy Osirix, program darmowy, ale działający tylko w systemach Apple. Potem, w odległości jak stąd do Jekaterynburga, jest e-Film (komercyjny, drogi i windziany), a wszystkie inne są o lata świetlne za nimi.

    Żona używa w pracy Osirixa, a w domu Ginkgo. Dobrze, że po długim czasie zastoju pojawiła się nowa wersja Ginkgo dla Linuksa – wypróbujemy. Próbowałem uruchomić Osirixa w jakimś emulatorze, ale przerosło to moje zdolności informatyczne.

    Innym problemem zdjęć diagnostycznych DICOM jest nietrzymanie się standardów przez dostawców sprzętu. Codziennością są badania, których bez specjalnych zabiegów nie da się otworzyć w programach innych, niż przeglądarki dostarczone na płytce ze zdjęciami (oczywiście działające w jedynie słusznym systemie).

    Może Przystajnik odwiedzają też inni lekarze / małżonkowie / współpracownicy lekarzy? Dobrze by było powymieniać się doświadczeniami.

  3. 14 kwietnia, 2016 at 8:44

    @aquarius

    Prawdę mówiąc to tę listę cech skopiowałem ze strony Ginkgo…

    @Wojciech

    Niestety, jestem zupełnym laikiem w tej materii, a tekst o przeglądarkach DICOM leżał w poczekalni dobry rok. Wiem o dominacji Osirixa i z tego co się orientuję z opisów użytkowników, nic do tej pory nie zbliżyło się do tego programu. Myślę, że głównym problemem jest tutaj integracja całej pracowni z konkretnym rozwiązaniem – tzn. zdjęcia na jakimś głównym serwerze, przeglądarka potrafiąca z tego skorzystać, itp. Drugim problem jest z pewnością specyfika pracy – każdy może mieć inne oczekiwania od takiej przeglądarki DICOM (tzn. dla kogoś jest ważne coś, co dla drugiego użytkownika nie ma większego znaczenia).

    Jak wspomniałem we wpisie, wspomniane programy należą do najpopularniejszych (tzn. najczęściej się o nich słyszy). Jednak na stronie http://www.idoimaging.com/home znalazłem listę niemal 150 programów podobnego przeznaczenia. Niestety, lista nie jest już chyba aktualizowana, jak i niektóre z projektów które tam znajdziemy. Ponieważ nie są to też rozwiązania masowo stosowane przez lekarzy, pozostaje samemu posprawdzać co który program potrafi.

  4. nya
    14 kwietnia, 2016 at 11:30

    Zapytam z perspektywy kompletnego lajkonika. Czy takich programów za których bezbłędne działanie nikt nie bierze odpowiedzialności wolno w ogóle używać do celów innych niż edukacyjne? Dotąd byłem przekonany, że oprogramowanie stosowane w medycynie musi posiadać odpowiednie certyfikaty i być przetestowane co najmniej równie dobrze jak to z NASA. To nie edytor filmów gdzie najwyżej stracę czas jeśli coś pójdzie nie tak i na renderze pojawią się niezidentyfikowane obiekty, albo inne elementy tajemniczo poznikają.

  5. pmatulka
    14 kwietnia, 2016 at 13:00

    Osobiście korzystam z Ginkgo, ale jakiś czas temu zauważyłem że XnView także bez problemu otwiera pliki Dicom. I prywatnie do pooglądania swoich zdjęć jest to najlepsze rozwiązanie.

  6. Dobrecki
    14 kwietnia, 2016 at 16:03

    Dobre pytanie, wiem o czym piszesz.
    Znajomy mi się ostatnio skarżył, jak to stracił pół dnia roboty przez jeden telefon.
    Pracował od wczesnego rana, w pocie czoła nad ważnym dla niego projektem, kiedy zadzwonił pilny telefon. I się zagadali z klientem na jakieś 20 minut. Kiedy po skończonej rozmowie odwrócił się do komputera, zastał napis – „Komputer został zaktualizowany. Trwa powtórne włączanie systemu Windows…” – czy coś podobnie brzmiącego. Oczywiście jakimś cudem(prawo Murphyego?), z zapisanych kopii zostały tylko te sprzed 5 godzin. Znajomy i jego trzej współpracownicy byli wprost zachwyceni ! 😀

    Ale nigdy nie słyszałem, żeby oficjalnie zabraniano na Windowsach używania aplikacji medycznych.

  7. nya
    14 kwietnia, 2016 at 16:48

    Gdyby tak się zaktualizował podczas transplantacji to parafrazując Wheatleya mielibyśmy do czynienia z bardzo niewielkim, poważnym zagrożeniem życia ;).
    Ale czy w komputerowej medycynie nie króluje przypadkiem QNX?

  8. Aspa
    14 kwietnia, 2016 at 19:00

    Cóż, też jestem totalnym, jak to sympatycznie napisałeś – lajkonikiem w tych kwestiach, ale wydaje mi sie (może błędnie), że tzw. ‚wzięcie odpowiedzialności’ za projekt nie oznacza jego doskonałości. Oznacza jedynie, że jeśli pojawi sie błąd, to ktoś się tym zajmie. No ale ten błąd się pojawi najpierw, mleko się rozleje, ewentualna szkoda zostanie dokonana – zwłaszcza, jeśli mówimy o zastosowaniach w medycynie. Mówiąc inaczej – ‚wzięcie odpowiedzialności’ za program nie oznacza jego bezbłędności, bo nie może, choć może czasem osoby płacące za licencje kupują takie właśnie, błędne przekonanie.
    Słabym ogniwem jest tutaj wielość możliwych konfiguracji sprzętu/systemu operacyjnego. Bo nawet jeśli platforma sprzętowa odpowiada specyfikacji pod względem zalecanego typu procesora, ilości pamięci, karty graficznej, to wszak są różne implementacje całości (różne serie, różne modele oparte na tym samym chipsecie etc). Problem jest znany także w świecie wspomnianych przez ciebie edytorów video – owszem, tutaj raczej rzadko w grę wchodzi ludzkie życie, jednak przy milionowych budżetach stres osób zaangażowanych bywa kolosalny. Producenci obchodzą problem, sprzedajac kompleksowe rozwiązania oprogramowania ORAZ sprzętu w konfiguracji najbardziej odpornej na błędy.
    Kiedy jednak kupujesz tylko software – a to najczęściej spotykany scenariusz – kupujesz w pakiecie z błędami, czasem znanymi producentowi, czasem, częściej, wciąż nieodkrytymi. Historia Windows, Photoshopa, Mac OS, Offica, Corela, Quarka etc pełna jest przykładów potwierdzajacych tę tezę: długotrwałe testy prowadzone przez producenta, często także przez darmowych betatesterów ‚niezależnych’, nie są w stu procentach skuteczne. Ba, często nawet zamknięta formuła kodu sprawia, że gdy błąd już się pojawi, czas reakcji instytucji czy firmy, która ‚wzięła za kod odpowiedzialnosć’ jest zastanawiajaco długi.

    PS Sam padłem ofiarą takiego błędu w zeszłe lato – CT moich nerek wykazało, ze dokuczajacy mi od kilku miesięcy paskudny kamień ‚zszedł’ dobrowolnie, wiec anulowano zaplanowaną operację jego usunięcia. Trzy dni po tej szcześliwej diagnozie, gdy zaczynałem radośnie swój zbyt krótki urlop, paskuda dała o sobie znać z taką siłą, że nawet zastrzyki z morfiną nie przynosiły ulgi. Operację udalo się ponownie zorganizowac dopiero na wrzesień, więc swoje wycierpiałem a wakacje miałem totalnie zepsute zarówno ja, jak i rodzina. Dochodzenie wszczęte przez mojego ubezpieczyciela wykluczyło błąd ludzki, zawinił… bug w oprogramowaniu nowego tomografu. Płatnym, zamkniętym oprogramowaniu z ‚wziętą odpowiedzialnością’. A gdyby to był nowotwór?

  9. Wojciech
    16 kwietnia, 2016 at 16:14

    Teoretycznie tak. W praktyce nikt tego nie przestrzega, a już najmniej producenci sprzętu dołączający jakieś swoje badziewne przeglądarki, które się potem samoczynnie zapisują na płytach z badaniem.

  10. Eugeniusz
    17 kwietnia, 2016 at 13:41

    Witam…
    Jeżeli Żona jest nadal zainteresowana testowaniem przeglądarki DICOM to proszę o kontakt slot@slot-it.pl Stworzyliśmy własną przglądarkę obrazów DICOM (odczyt z płyt CD-DVD Działa na Linux+ KDE – Linux Mint KDE 17.3) i poszukujemy specjalistów którzy wniosą uwagi do działania w/w przeglądarki.

    Eugeniusz Rink

  11. ghurka
    27 kwietnia, 2016 at 20:35

    Niekoniecznie wyłącznie radiolodzy powinni być zainteresowani formatem DICOM, choć
    pierwotnie rzeczywiście powstał na ich potrzeby i wciąż są głównym
    adresatem tego typu obrazków. Jeśli się nie mylę, to ze trzy-cztery lata temu
    bodaj czternasta edycja tego standardu ujrzała światło dzienne (w każdym
    razie „nasta”) i z mojego punktu widzenia stało się dobrze, bo po raz
    pierwszy oficjalnie format DICOM uwzględnił potrzeby patologów i
    używanych przez nich maszyn do telepatologii. W odróżnieniu od obrazków
    radiologicznych, które są jednak objętościowo dość skromne (maksymalnie
    rzędu kilku – kilkunastu MB na obrazek) wirtualne preparaty mikroskopowe
    patologów na dzień dobry mają objętości rzędu GB. Skądinąd wiem, że gdy
    US Armed Force Institute of Pathology (obecnie przekształcony i
    egzystujący pod inną nazwą) postanowił zdigitalizować archiwalne
    preparaty mikroskopowe, to skany sięgnęły w niektórych przypadkach nawet
    i po ok 100 GB. I to po kompresji…
    Co do narzekań na „nietrzymanie się standardów” – to raczej wina standardu – DICOM pozwala na dużą dowolność, np. na niemal dowolny sposób kompresji obrazka: może być JPG, może być JP2, a może być i TIFF; w pewnym sensie jest to raczej metaformat (w przypadku TIFFa – metaformat metaformatu). W formacie DICOM jest tylko zapisane jak obrazek jest skompresowany.

    Osobiście wykorzystuję jedną z darmowych (a może nawet opensourceowych? – musiałbym sprawdzić w pracy, w domu mi niepotrzebna) przeglądarek DICOM ale pod Windows… Dla moich potrzeb (jestem patologiem, który często ma do czynienia z preparatami pozyskanymi z kości i obraz radiologiczny pomaga w stawianiu rozpoznania) całkiem wystarcza. Czyta też wszystkie formaty DICOMów radiologicznych którymi ją zarzuciłem do tej pory – łącznie z tymi generowanymi przez aparaty do zdjęć stomatologicznych jak i MRI, i nie muszę instalować „viewera” z każdej płyty.

    Ukłony,

Dodaj komentarz

Twój adres email nie zostanie opublikowany. Pola, których wypełnienie jest wymagane, są oznaczone symbolem *

This site uses Akismet to reduce spam. Learn how your comment data is processed.

Translate »