RTG, DICOM i Linux z pomocą

11 komentarzy

• Comments 11
• Pingbacks 0

1. Nie pisze się “endoskopiczne” tylko endoskopowe. Warto też wspomnieć o ImageJ, służacym do obróbki obrazu z różnych źródeł miedzy innymi z aparatów do RTG, MRI, mikroskopów. Najprostszą przeglądarką obrazów DICOM jest Image Magic.

2. Bardzo dziękuję za ten artykuł: Żona jest lekarzem radiologiem i temat programów do DICOM jest dla nas istotny.

   Problem programów do DICOM polega na tym, że większość z tych zacnych dzieł dla platformy linuksowej to bardzo wyspecjalizowane programy do konkretnych zastosowań, a pozostałe są często dość amatorskie. Więc przydatność jednych i drugich do celów codziennej, “masowej” diagnostyki jest często wątpliwa, a obsługa jest mocno karkołomna (wspólnie z Żoną przetestowaliśmy większość z nich). Niestety, niekwestionowanym liderem jest makowy Osirix, program darmowy, ale działający tylko w systemach Apple. Potem, w odległości jak stąd do Jekaterynburga, jest e-Film (komercyjny, drogi i windziany), a wszystkie inne są o lata świetlne za nimi.

   Żona używa w pracy Osirixa, a w domu Ginkgo. Dobrze, że po długim czasie zastoju pojawiła się nowa wersja Ginkgo dla Linuksa – wypróbujemy. Próbowałem uruchomić Osirixa w jakimś emulatorze, ale przerosło to moje zdolności informatyczne.

   Innym problemem zdjęć diagnostycznych DICOM jest nietrzymanie się standardów przez dostawców sprzętu. Codziennością są badania, których bez specjalnych zabiegów nie da się otworzyć w programach innych, niż przeglądarki dostarczone na płytce ze zdjęciami (oczywiście działające w jedynie słusznym systemie).

   Może Przystajnik odwiedzają też inni lekarze / małżonkowie / współpracownicy lekarzy? Dobrze by było powymieniać się doświadczeniami.

3. @aquarius

   Prawdę mówiąc to tę listę cech skopiowałem ze strony Ginkgo…

   @Wojciech

   Niestety, jestem zupełnym laikiem w tej materii, a tekst o przeglądarkach DICOM leżał w poczekalni dobry rok. Wiem o dominacji Osirixa i z tego co się orientuję z opisów użytkowników, nic do tej pory nie zbliżyło się do tego programu. Myślę, że głównym problemem jest tutaj integracja całej pracowni z konkretnym rozwiązaniem – tzn. zdjęcia na jakimś głównym serwerze, przeglądarka potrafiąca z tego skorzystać, itp. Drugim problem jest z pewnością specyfika pracy – każdy może mieć inne oczekiwania od takiej przeglądarki DICOM (tzn. dla kogoś jest ważne coś, co dla drugiego użytkownika nie ma większego znaczenia).

   Jak wspomniałem we wpisie, wspomniane programy należą do najpopularniejszych (tzn. najczęściej się o nich słyszy). Jednak na stronie http://www.idoimaging.com/home znalazłem listę niemal 150 programów podobnego przeznaczenia. Niestety, lista nie jest już chyba aktualizowana, jak i niektóre z projektów które tam znajdziemy. Ponieważ nie są to też rozwiązania masowo stosowane przez lekarzy, pozostaje samemu posprawdzać co który program potrafi.

4. Zapytam z perspektywy kompletnego lajkonika. Czy takich programów za których bezbłędne działanie nikt nie bierze odpowiedzialności wolno w ogóle używać do celów innych niż edukacyjne? Dotąd byłem przekonany, że oprogramowanie stosowane w medycynie musi posiadać odpowiednie certyfikaty i być przetestowane co najmniej równie dobrze jak to z NASA. To nie edytor filmów gdzie najwyżej stracę czas jeśli coś pójdzie nie tak i na renderze pojawią się niezidentyfikowane obiekty, albo inne elementy tajemniczo poznikają.

5. Osobiście korzystam z Ginkgo, ale jakiś czas temu zauważyłem że XnView także bez problemu otwiera pliki Dicom. I prywatnie do pooglądania swoich zdjęć jest to najlepsze rozwiązanie.

6. Dobre pytanie, wiem o czym piszesz.
   Znajomy mi się ostatnio skarżył, jak to stracił pół dnia roboty przez jeden telefon.
   Pracował od wczesnego rana, w pocie czoła nad ważnym dla niego projektem, kiedy zadzwonił pilny telefon. I się zagadali z klientem na jakieś 20 minut. Kiedy po skończonej rozmowie odwrócił się do komputera, zastał napis – “Komputer został zaktualizowany. Trwa powtórne włączanie systemu Windows…” – czy coś podobnie brzmiącego. Oczywiście jakimś cudem(prawo Murphyego?), z zapisanych kopii zostały tylko te sprzed 5 godzin. Znajomy i jego trzej współpracownicy byli wprost zachwyceni ! 😀

   Ale nigdy nie słyszałem, żeby oficjalnie zabraniano na Windowsach używania aplikacji medycznych.

7. Gdyby tak się zaktualizował podczas transplantacji to parafrazując Wheatleya mielibyśmy do czynienia z bardzo niewielkim, poważnym zagrożeniem życia ;).
   Ale czy w komputerowej medycynie nie króluje przypadkiem QNX?

8. Cóż, też jestem totalnym, jak to sympatycznie napisałeś – lajkonikiem w tych kwestiach, ale wydaje mi sie (może błędnie), że tzw. ‘wzięcie odpowiedzialności’ za projekt nie oznacza jego doskonałości. Oznacza jedynie, że jeśli pojawi sie błąd, to ktoś się tym zajmie. No ale ten błąd się pojawi najpierw, mleko się rozleje, ewentualna szkoda zostanie dokonana – zwłaszcza, jeśli mówimy o zastosowaniach w medycynie. Mówiąc inaczej – ‘wzięcie odpowiedzialności’ za program nie oznacza jego bezbłędności, bo nie może, choć może czasem osoby płacące za licencje kupują takie właśnie, błędne przekonanie.
   Słabym ogniwem jest tutaj wielość możliwych konfiguracji sprzętu/systemu operacyjnego. Bo nawet jeśli platforma sprzętowa odpowiada specyfikacji pod względem zalecanego typu procesora, ilości pamięci, karty graficznej, to wszak są różne implementacje całości (różne serie, różne modele oparte na tym samym chipsecie etc). Problem jest znany także w świecie wspomnianych przez ciebie edytorów video – owszem, tutaj raczej rzadko w grę wchodzi ludzkie życie, jednak przy milionowych budżetach stres osób zaangażowanych bywa kolosalny. Producenci obchodzą problem, sprzedajac kompleksowe rozwiązania oprogramowania ORAZ sprzętu w konfiguracji najbardziej odpornej na błędy.
   Kiedy jednak kupujesz tylko software – a to najczęściej spotykany scenariusz – kupujesz w pakiecie z błędami, czasem znanymi producentowi, czasem, częściej, wciąż nieodkrytymi. Historia Windows, Photoshopa, Mac OS, Offica, Corela, Quarka etc pełna jest przykładów potwierdzajacych tę tezę: długotrwałe testy prowadzone przez producenta, często także przez darmowych betatesterów ‘niezależnych’, nie są w stu procentach skuteczne. Ba, często nawet zamknięta formuła kodu sprawia, że gdy błąd już się pojawi, czas reakcji instytucji czy firmy, która ‘wzięła za kod odpowiedzialnosć’ jest zastanawiajaco długi.

   PS Sam padłem ofiarą takiego błędu w zeszłe lato – CT moich nerek wykazało, ze dokuczajacy mi od kilku miesięcy paskudny kamień ‘zszedł’ dobrowolnie, wiec anulowano zaplanowaną operację jego usunięcia. Trzy dni po tej szcześliwej diagnozie, gdy zaczynałem radośnie swój zbyt krótki urlop, paskuda dała o sobie znać z taką siłą, że nawet zastrzyki z morfiną nie przynosiły ulgi. Operację udalo się ponownie zorganizowac dopiero na wrzesień, więc swoje wycierpiałem a wakacje miałem totalnie zepsute zarówno ja, jak i rodzina. Dochodzenie wszczęte przez mojego ubezpieczyciela wykluczyło błąd ludzki, zawinił… bug w oprogramowaniu nowego tomografu. Płatnym, zamkniętym oprogramowaniu z ‘wziętą odpowiedzialnością’. A gdyby to był nowotwór?

9. Teoretycznie tak. W praktyce nikt tego nie przestrzega, a już najmniej producenci sprzętu dołączający jakieś swoje badziewne przeglądarki, które się potem samoczynnie zapisują na płytach z badaniem.

10. Witam…
    Jeżeli Żona jest nadal zainteresowana testowaniem przeglądarki DICOM to proszę o kontakt slot@slot-it.pl Stworzyliśmy własną przglądarkę obrazów DICOM (odczyt z płyt CD-DVD Działa na Linux+ KDE – Linux Mint KDE 17.3) i poszukujemy specjalistów którzy wniosą uwagi do działania w/w przeglądarki.

    Eugeniusz Rink

11. Niekoniecznie wyłącznie radiolodzy powinni być zainteresowani formatem DICOM, choć
    pierwotnie rzeczywiście powstał na ich potrzeby i wciąż są głównym
    adresatem tego typu obrazków. Jeśli się nie mylę, to ze trzy-cztery lata temu
    bodaj czternasta edycja tego standardu ujrzała światło dzienne (w każdym
    razie “nasta”) i z mojego punktu widzenia stało się dobrze, bo po raz
    pierwszy oficjalnie format DICOM uwzględnił potrzeby patologów i
    używanych przez nich maszyn do telepatologii. W odróżnieniu od obrazków
    radiologicznych, które są jednak objętościowo dość skromne (maksymalnie
    rzędu kilku – kilkunastu MB na obrazek) wirtualne preparaty mikroskopowe
    patologów na dzień dobry mają objętości rzędu GB. Skądinąd wiem, że gdy
    US Armed Force Institute of Pathology (obecnie przekształcony i
    egzystujący pod inną nazwą) postanowił zdigitalizować archiwalne
    preparaty mikroskopowe, to skany sięgnęły w niektórych przypadkach nawet
    i po ok 100 GB. I to po kompresji…
    Co do narzekań na “nietrzymanie się standardów” – to raczej wina standardu – DICOM pozwala na dużą dowolność, np. na niemal dowolny sposób kompresji obrazka: może być JPG, może być JP2, a może być i TIFF; w pewnym sensie jest to raczej metaformat (w przypadku TIFFa – metaformat metaformatu). W formacie DICOM jest tylko zapisane jak obrazek jest skompresowany.

    Osobiście wykorzystuję jedną z darmowych (a może nawet opensourceowych? – musiałbym sprawdzić w pracy, w domu mi niepotrzebna) przeglądarek DICOM ale pod Windows… Dla moich potrzeb (jestem patologiem, który często ma do czynienia z preparatami pozyskanymi z kości i obraz radiologiczny pomaga w stawianiu rozpoznania) całkiem wystarcza. Czyta też wszystkie formaty DICOMów radiologicznych którymi ją zarzuciłem do tej pory – łącznie z tymi generowanymi przez aparaty do zdjęć stomatologicznych jak i MRI, i nie muszę instalować “viewera” z każdej płyty.

    Ukłony,

Witryna wykorzystuje Akismet, aby ograniczyć spam. Dowiedz się więcej jak przetwarzane są dane komentarzy.